1932’de (nüfus kaydına göre 1936) Trabzon Of’ta doğdu. İlk öğrenimini burada tamamladıktan sonra İstanbul İmam-Hatip Okulu’ndan (1959) ve İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü’nden (1963) mezun oldu. Bir süre İstanbul İmam-Hatip Okulu’nda öğretmenlik yaptı. Mezun olduğu enstitüde kelam asistanı oldu (1971). Enstitülerin İlahiyat Fakültesi’ne dönüştürülmesinden sonra 1983 yılında doktor, 1986’da doçent, 1988’de İslam felsefesi ve 1993’te kelam alanında profesör unvanını aldı. Emekliye ayrıldığı 2002 yılından sonra da TDV İslâm Ansiklopedisi’ndeki görevini ve ilmî çalışmalarını sürdüren Bekir Topaloğlu 10 Mart 2016 tarihinde vefat etti.